La concesión de Panama Canal Railway Company en su totalidad es por ley considerada un corredor aduanero ferroviario, en donde la carga puede ser transbordada de una costa a la otra libre de impuestos. Esto ha impulsado a las autoridades de Aduana a modernizar y agilizar sus procedimientos de documentación y operaciones ya que el ferrocarril puede movilizar carga en cuestión de horas entre los puertos. Como resultado, lo que solía tardar varios días en trámite de documentos es ahora procesado más acorde con la carga, al utilizar nuevos sistemas automatizados y menos inspecciones.

Para carga en cuarentena, los vagones tipo “bulkhead” utilizados en la operación de carga del ferrocarril ofrecen un alto nivel de protección contra alteraciones o derrames que no puede ser garantizado por el transporte terrestre. Consecuentemente, la Dirección de Cuarentena considera el ferrocarril como el único modo de transporte capaz de manejar carga cuarentenada. Contenedores que anteriormente no podían ser transportados a través del Istmo de Panamá debido a su posible riesgo ahora pueden hacerlo por medio del ferrocarril.

La confianza depositada en el sistema de transporte ferroviario por las autoridades de Aduana y Cuarentena han resultado en un ambiente de trabajo eficiente y más seguro, con conexiones marítimas más fiables.